Zatím poslední výzkum pozůstatků se uskutečnil 29. 6. 1972. Janovy pozůstatky byly prohlédnuty odbornou komisí lékařů a antropologů. Tento výzkum potvrdil mučednickou smrt světce. Nalezeny byly četné zlomeniny obličejového skeletu, které vznikly opakovanými údery tupého nástroje do hlavy. Pro svůj rozsah byly s největší pravděpodobností provázeny bezvědomím a po určité době došlo k smrti pro vnitřní krvácení do hlavy - Jan tedy zemřel dříve než byl vhozen do Vltavy. Tento fakt také vysvětluje to, proč protokol o vyslýchání neobsahuje žádnou zmínku o Janu Nepomuckém. Ten už totiž nebyl zřejmě schopen jakékoliv reakce. Nalezena byla též fraktura lopatky, která může být vysvětlena zavěšením těla za ruce svázané na zádech a vyklobením paží v rameních kloubech při tzv. "štosování".	Janova zranění v důsledku jeho mučení
"jazyk" sv. Jana Nepomuckého v pouzdře v suchém stavu	Pečlivému studiu se samozřejmě nevyhnula ani měkká tkáň "jazyka". Právě údajně zázračně zachovalý jazyk se stal nejpádnějším argumentem a hlavním důkazam mučedníkovy svatosti, o které se celé století vedl dramatický spor. Výzkum prokázal příslušnost relikvie ke kosterním pozůstatkům Jana z Pomuku. Avšak 200 let uznávaná teorie, že onou hmotou je jazyk, byla vyrácena. Histologický výzkum totiž zjistil, že se s největší pravděpodobností jedná o rozloženou suchou mozkovou tkáň. Červenou barvu vysvětluje přítomnost krve, která se po smrti hromadí v zadní části lebky. Samotné zachování současná věda též vysvětluje přirozenou cestou. Dokonce prý nejde o zcela ojedinělý případ. S tímto jevem se tu a tam lze setkat v hrobech, kde je tělo ve styku se zvýšenou půdní vlhkostí. Navíc tu je i ten fakt, že tělo Jana Nepomuckého leželo skoro měsíc ve vodě Vltavy. Přesto však to, že se uchovala zrovna část mozkové hmoty věda vysvětlit nemůže.
Jazyk přijatelný jako zázračný symbol doby barokní je nyní po histologickém vyšetření považován za zachovalou rozloženou mozkovou tkáň. Toto zjištění význam relikvie sv. Jana Nepomuckého ještě zvyšuje, neboť jazyk je podřízen právě lidskému mozku.