Konflikt pražského arcibiskupa s českým králem a jeho milci dosáhl v zimě roku 1393 dramatického vrcholu. Oba si navzájem činili neustálé schválnosti. Král se rozhodl odtrhnout od pražské diecéze její západní cíp a zřídit nové biskupství v Kladrubech u Stříbra a tím zmenšit Jenštejnovy pravomoce. Bylo však nutné zvolit pro toto biskupství nového opata. Pokyn k tomu dává Jenštejn a generální vikář Jan z Jenštejna jeho volbu dne 10. března roku 1393 potvrzuje. Jenomže sama královská rada měla svého vlastního kandidáta a je tedy samozřejmé, že byla potvrzením Jenštejnovy volby velice podrážděna. Arcibiskup, který v té dobé dlel na svém hradu v Roudnici, byl poselstvem vyzván, aby usmířil králův hněv. Do Prahy přijel v doprovodu Jana z Pomuku a dalších dvou duchovních. Dne 20. 3. 1393 měla být stvrzena smlouva o smíru obou stran. Byl to však pouze králův lstivý úskok. Okamžitě nechal všechny čtyři zajmout. Arcibiskupovi se naštěstí za pomoci svých věrných podařilo uprchnout. Ti však byli dlouze vyslýcháni a večer odvedeni do mučírny. Nejprve byly "štosováni" čili "taženi za sucha". Tento úkon spočíval v tom, že byly mučenému svázány nohy a ruce za zády, za ně byl pak dotyčný věšen a vytažen ke stropu - viz obrázek níže. Poté byli ještě páleni pochodněmi v bok. U Jana byly navíc použity palečnice na tištění palců u nohou a rukou. Jelikož výsledky výslechu krále neuspokojovaly, kázal je mučit k smrti a sám přiložil svou ruku k "dílu". Opět byli páleni v bok a na místa stydká, až se jim otevíraly dutiny tělní. Po mučení měli být všichni tři vhozeni do Vltavy. Kromě Jana však zbylí dva nechali sepsat listinu, ve které se zapřísáhli, že neprozradí nic o průběhu mučení a že se dokonce postaví proti svému pánovi Jenštejnovi. Byli tedy ušetřeni. O Janovi tu zmínka není snad proto, že již byl natolik zmučený, že nebyl schopen ani jakéhokoli pokusu o záchranu svého života.


        Jan z Pomuku byl svržen z Karlova mostu do řeky Vltavy 20. března 1393 o deváté hodině večerní. Ze všech světců utrpěl tu nejstrašnější mučednickou smrt a právě proto je tak často zobrazován s křížem v rukou.




Freska Václava Vavřince Reinera (1727)
v kostele sv. Jana Nepomuckého na Hradčanech
zobrazující tzv. štosování Jana z Pomuku



        Po smrti Johánka z Pomuku však nenávist mezi arcibiskupem a králem, jak bylo možno očekávat, nabyla na ještě větší intenzitě. Přestože se král nemálo snažil, aby tento konflikt nebyl předveden před papeže do Říma, Jenštejn tam dorazil 29. června 1393 a předložil římské kurii písemnou žalobu na českého a německého krále, ve vatikánském archivu byla však objevena až roku 1752. Právě tato stížnost se stala hlavním historickým pramenem o postupu krále při výslechu zatčených prelátů.

        Když byl v kapitule, ihned udeřil (král) rukojetí svého meče do hlavy doktora práva, děkana mého Pražského kostela Bohuslava, již vetchého starce, tak silně, že mu vytryskl proud krve, a s rukama svázanýma za zády ho poručil odvést z jeho domu do domu pražského purkrabího. Tak učinil i s ostatními - Něprem, představeným mé kurie, rytířem již pokročilého věku, jehož dal také odvést na rychtu do soudcova domu, a při tom se často ptal na mě, biskupa, zda i mě s nimi vedou. Navečer je dal se svázanýma rukama a nohama před zraky všech svých katem mučit a on sám přiložil ruku a pochodeň vikáři a oficiálovi k bokům i k ostatním místům a ušetřil pouze jediného, totiž míšenského probošta Knoblocha. Ušetřili i rytíře Něpra, jehož drželi v zajetí jinde. A rozkázal je utopit - a všichni by již bývali byli utopeni, kdyby, jak se říká, nebyli v přítomnosti veřejného notáře slíbili a přísahali, že ani tehdy ani nikdy jindy neřeknou, že byli zajati nebo mučeni, a jak jsem se dozvěděl, chtěl také, aby mu přísahali, že se postaví proti mě, biskupovi. Oni však celý přestrašení raději požádali o vyhotovění veřejné listiny, než by se chtěli dát utopit, a jak se říká, stvrdili vlastními přísahami, a tak byli propuštěni. Pouze ctihodný Jan, doktor a můj vikář v duchovních záležitostech, byl po strašlivém mučení a propálení boku, takže nikterak nemohl dále zůstat na živu, veřejně veden k utopení ulicemi a náměstími města a byl z pražského mostu asi za třetí hodiny večerní (tj. v devět hodin večer) se svázanýma rukama a hlavou přivázanou k nohám v podobě kola shozen do řeky a utopen.

        Velmi přesné údaje o Janově smrti obsahuje i Česká kronika psaná latinsky, která zachycuje léta 1348 až 1411:

        Léta Páně 1393 byl utopen Johánek z Nepomuku, doktor církevního práva, v den sv. Benedikta v noční době. Téhož roku v létě řeka Vltava tak vyschla, že v Podskalí přes krátké břevno přecházeli řeku suchou nohou a voda řeky tak zezelenala, že se lidé neodvažovali vařit s vltavskou vodou, nýbrž s vodou ze studní.