Dřevoryt sv. Jana Zpovědníka z roku 1602
 		        Kromě potvrzení krumlovského opata se kolem roku 1545 objevuje jako příčina Janovy smrti legendární zpráva o nevyzrazeném zpovědním tajemství. Tato nová interpretace důvodu smrti se poprvé objevila v Kronice římských králů a papežů Tomáše Ebendorfera z Haselbachu z let 1445 až 1451:

        Také zpovědníka své manželky Jana, mistra theologie, poněvadž řekl, že ten je hoden královského titulu, kdo dobře vládne, a jak se říká, poněvadž se zdráhal porušit zpovědní tajemství, dal utopit ve Vltavě. Druhého však určil sžíravým plamenům, ale toho kat, pohnut soucitem, únikem zachránil.

        V jedné z husitských kronik byl zachován jakýsi hanopis na krále Zikmunda, pocházející nejspíše z kruhů českých katolických vyhnanců. Ten mimo jiné vyčítá Zikmundovi i cizoložný poměr k vdově po jeho bratrovi Václavovi, ke královně Žofii. To se však mělo stát až po smrti krále Václava, tedy 26 let po smrti Jana z Pomuku.
        Zpráva o nevyzrazeném zpovědním tajemství není sice nijak histroricky podložena, ale vezmeme-li na vědomí ten fakt, že Jan byl zpovědníkem samotné královi manželky Žofie, nemůže to být tedy zcela vyloučeno. Bylo a je dobře známo, že královské manželství bylo bezdětné a nepatřilo zrovna k těm nejšťastnějším. Král svou choť prý dokonce podezříval z nevěry.

        Král by pravděpodobně velice rád prohlásil tento svazek za neplatný. K tomu by však byl potřebný kanonizační proces, ve kterém by velice důležitou roli hrál odborník v církevním právu, jímž Jan Nepomucký rozhodně byl. Zpovědníci navíc velice často dávali i praktické rady. Pokud by si tedy královna přála udržet svá tajemství a zároveň požádat o radu zkušeného právníka, nebylo lepšího místa než zpovědnice. Králův zájem o to, aby Jan promluvil by pak byl snadno vysvětlitelný.